Pomysł stworzenia Laboratorium zrodził się z wcześniejszych badań i obserwacji prowadzonych w środowisku Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu oraz w ramach wieloletniej współpracy ze środowiskami prawniczymi i akademickimi z całego świata. Każdego roku odnotowuje się w Polsce kilkaset przypadków szeroko rozumianego naruszenia wolności sumienia i wyznania wśród chrześcijan. Do tego należy doliczyć nigdzie nie zgłaszane ani nie monitorowane, a często obecne w dyskursie publicznym − zwłaszcza w mediach społecznościowych − akty etykietowania, poniżania, deprecjonowania czy ośmieszania osób otwarcie przyznających się do swojej wiary.
Zaniepokojeni rosnącą liczbą przypadków naruszeń wolności sumienia i wyznania odnotowywanych w różnych dziedzinach życia publicznego − w kulturze i edukacji, na rynku pracy, w relacjach biznesowych, a także na scenie politycznej − stajemy w obronie ludzi wierzących, ich prawa do swobodnego wyrażania swoich przekonań bez ryzyka negatywnych konsekwencji oraz do życia w zgodzie z wyznawanymi wartościami. Sprzeciwiamy się utożsamianiu gwarantowanej przez Konstytucję bezstronności światopoglądowej (którą winniśmy pojmować jako stosunek nacechowany życzliwością) z sekularyzacją sfery publicznej, oznaczającą wyeliminowanie z niej jakichkolwiek odniesień do religii i religijności.
Chcemy przeciwdziałać wyłączaniu z dyskursu publicznego kwestii moralnych i religijnych jako „konfesyjnie obciążonych”, a także lekceważeniu opinii ludzi wierzących zarówno w publicznej, jak i w prywatnej sferze komunikacji. Naszym celem jest zapobieganie wszelkim szkodliwym działaniom wymierzonym w osoby wierzące: od uprzedzeń i stereotypów, przez mowę nienawiści i zachowania do niej zbliżone, po ostracyzm społeczny, dyskryminację, a wreszcie przemoc fizyczną. Jesteśmy przekonani, że edukacja i kształtowanie dobrych postaw stanowią najlepszy środek prewencyjny zapobiegający rozwojowi przestępczości przeciwko wolności sumienia i wyznania. Pragniemy, by sfera publiczna stała się wolna od nienawiści motywowanej różnicami w światopoglądzie religijnym. A ponieważ nienawiść najczęściej rodzi się z braku wiedzy i zrozumienia drugiego człowieka, chcemy stworzyć przestrzeń dialogu, z którego wyłoni się prawdziwy obraz ludzi wierzących.
Dążymy do oczyszczenia życia publicznego z przejawów wrogości w stosunku do religii, z niechęci oraz ignorancji, a zastąpienia tych cech wzajemnym szacunkiem i zaufaniem. Podejmujemy długofalowe, szeroko zakrojone działania, aby upewnić się, że mentalna zmiana, jaką zamierzamy zapoczątkować wokół siebie, będzie miała charakter trwały. Może − dzięki umocnieniu w wierze, szacunku i miłości − razem uda nam się zmienić świat na lepszy.